Mezi vědou a vírou docházelo v dějinách k častým konfliktům. Náboženské autority se považovaly za kompetentní rozhodovat o vědeckých otázkách. Vědce, kteří docházeli k jiným výsledkům, než bylo dovoleno, stíhaly. Když se pak věda stala oficiální autoritou a moc se postavila na její stranu, bylo náboženství potlačováno a nahrazováno údajným vědeckým světovým názorem.

Ti, kdo se snaží o soulad v kultuře a v lidském nitru se pokoušeli a pokoušejí najít mezi vědou vírou nějaké zprostředkování. Prvním takovým pokusem je hypotéza dvojí pravdy. Ta je dnes konstantním řešením. Pomáhá předcházet zbytečným konfliktům. Její podstatou je přesvědčení, že náboženské výpovědi se týkají Boha (resp. nějak jinak pojaté transcendentní skutečnosti), zatímco stvořeného světa jen ve vztahu s Bohem. Náboženské výpovědi o světě (např. o přírodě nebo o dějinách) mají podle této koncepce pouze ilustrativní charakter. Nejsou pro náboženství podstatné. Věda naproti tomu pojednává o tvorech, popisuje, srovnává, zjišťuje jejich genezi, zkoumá procesy a vztahy, zjišťuje pravidelnosti, které nazývá přírodními zákony. Bůh a jeho záležitosti (např. stvoření, milost, posmrtný úděl člověka apod.) není předmětem jejího zájmu. Toto řešení je provizorní, protože pouze vzdaluje soupeře, vědu a víru od sebe. Neřeší problémy, které přece jen mezi vědou a vírou mohou vznikat.

V našem století koncipovali lidé, kterým záleželo nejen na klidu mezi vědou a vírou, ale i na jejich spolupráci, dva návrhy, které se snaží o soulad mezi vědou a vírou. Jejich společné označení je konkordismus. V praxi se však ukázalo, že se nenastolil skutečný soulad při zachování samostatnosti a nezávislosti obou oborů. Spíše šlo o dvě varianty toho, kdo koho ovládne.

Jednou formou konkordismu bylo upravování vědeckých výsledků podle předpokládaných obsahů víry. Typickým projevem této koncepce je tzv. vědecký kreacionismus. Ten přizpůsobuje výběr paleontologických pozorování a jejich interpretací tak, aby vyhověl doslovně pojaté biblické "zprávě" o stvoření světa v Gen 1,1 - 2,3. Kreacionismus se snaží dokazovat, že svět byl stvořen v podobě velmi blízké dnešní za šest dní před šesti tisíci lety.

Druhou variantou konkordismu je vytváření domnělé vědecké nebo na vědě založené víry. Takové pokusy byly velmi populární v prvních dvou desetiletích dvacátého století. V Čechách výsledkem těchto snah byly první (pak odmítnuté) pokusy formulovat obsah víry vznikající Církve československé. Nový pokus o zajištění souhry mezi vědou a vírou podnikl teologicky vzdělaný francouzský jezuitský kněz a paleontolog Pierre Teilhard de Chardin. Jeho teologie hmoty, těla a přírody je trvalým přínosem. Inspirující jsou jeho náboženské meditace na tato témata. Profesionální teologové mu ale při vší úctě vyčítali nesystematičnost a nedostatečné odůvodnění předkládaných teologických myšlenek. Vědecká obec oceňuje jeho přínos k objevení a popisu homo pekiniensis, jeho spisy věnované vztahu vědy a víry však odmítá. Pokládá je za kontaminaci vědy náboženskými tezemi. Jeho obrazy o korpuskulizaci, zvnitřňování, prosvětlování a zduchovňování hmoty v průběhu evoluce nemají prý empirický podklad. Jeho dílo se zdá být impozantním krokem směrem k nové spolupráci vědy a víry, ale je u něj teprve v počátcích, bez důkladného rozpracování. Velmi významným, i když široké veřejnosti méně známým autorem snažícím se o náboženskou interpretaci evoluce byl americký badatel ruského původu Theodosius Grigoroievich Dobzhansky.

Dosavadní pokusy překonat staré konflikty mezi vědou a vírou byly nepříliš úspěšné. Máme-li udělat další, úspěšnější kroky v tomto směru, musíme si ujasnit stav současné vědy. Nejprve je třeba ocenit její důslednost a přesnost. Základem vědecké práce je snaha prokázat každé tvrzení. Uvažování musí postupovat krok za krokem přesně podle zásad logiky a obecné vědecké metodologie. Odměnou za přísnou vědeckou kázeň jsou její technické aplikace. Osvědčuje se ve službě lidskému zdraví a bezpečí a při uspokojování všemožných lidských potřeb.

Ukazuje se ale také, že věda nemá řešení na všechny problémy a že není všemocná. Aplikace vědy vyvolala závažné krize. Ovládnutí zdrojů naší planety vedlo k jejich ničení. Je znečištěna půda, voda i vzduch, hynou živočišné i rostlinné druhy, zhoršují se zdravotní poměry člověka, stupňuje se nebezpečí ozáření z kosmu (ozónové díry), větší množství energie v atmosféře následkem skleníkového efektu vede k turbulentním jevům ničícím majetek, zdraví, ba i životy lidí (tornáda, orkány, bouře, záplavy). Neustálé zvědečťování psychologie vedlo ke vzniku paradoxní psychologie bez psýché, k tzv. behaviorálním vědám. Nezkoumá se již psychika, ale pouze podněty a reakce. Tato verze psychologie je úspěšná např. v ergonomii, tedy při vynucování co největšího pracovního výkonu při co nejmenších nákladech, ve vojenské psychologii (přípravě živých, ale nemyslících vraždících robotů), a dále v psychologii propagandy a reklamy. Též kruté sociální utopie našeho století se odvolávaly na vědu a přinesly snad největší utrpení v dějinách.

Odpovědní vědci jsou vědomi, že věda vedle úspěchů přináší i škody. Že není vševědoucí a všemocná. Proto si sami kladou nad vědou kritické otázky. Dochází k sebereflexi a seberevizi vědy. Odmítá se tradiční vědecké paradigma zformované na začátku novověku a nastává základní změna nazírání a metod. Tento proces bývá označován jako posun vědeckého paradigmatu nebo jako vědecká revoluce. Je to hlubší změna než nové pozorování nebo změny v hypotézách. Příklady nového paradigmatu ve dvacátém století můžeme vidět v relativistické a kvantové fyzice směřující k unitární teorii pole, v nové fyzikální kosmologii včetně antropického principu, v teorii morfogenetických polí v biologii, v humanistické, hlubinné a transpersonální psychologii a v participativní sociologii.

Existují návrhy na ještě hlubší revizi vědy, než ty změny, které proběhly doposud. K tomu je ale potřebné se podívat na samotné základy novověké matematizované přírodní vědy. Jejími zakladateli byli renesanční myslitelé Galileo Galilei, Francis Bacon a Isaac Newton. Podle tohoto pojetí je reálné jen to, co je měřitelné, tedy kvantitativně vyjádřitelné. Východiskem tedy není celá zkušenost. Prvním krokem je redukce zkušenosti na ty údaje, které lze dosadit jako hodnoty do matematických vztahů vyjadřujících poznání přírody. Smyslem vědeckého usilování je hledání mechanismů. Modelem skutečnosti je tedy stroj. Matematizace přírodních věd vede postupně k tomu, že zkušenost není příliš důležitá. Jsou-li zjištěná fakta v rozporu s uznávanou hypotézou, předpokládá se vždy napřed, že bylo chybné pozorování. Hypotéza se mění až když už je to nutné. Je třeba říci, že v tomto typu vědy jsou reálná schémata a konstrukce.

Návrhy na alternativní vědu chtějí být návratem ke zkušenosti. To, co se odehrává mezi člověkem a věcí, nazýváme jevem, fenoménem. V něm se věci zjevují. Nemáme věci jinak, než jako fenomény. K věcem pronikáme, když rozšiřujeme a prohlubujeme vnímání a když nic z vnímaného neodsouváme. Nezajímají nás jen kvantitativní ukazatele. Prvotní jsou kvality. Fenomenologicky zaměřená alternativní věda je především vědou kvalit.

Spor o charakter vědy probíhal již na jejím začátku. Tehdy proti sobě stáli Isaac Newton a Johann Wolfgang Goethe. Druhý z nich je znám spíše jako básník a dramatik. Napsal však několik spisů o přírodě. Nejznámější je jeho zkoumání morfologie rostlin a živočichů. Hledal nazíráním tvarů např. stromů a jejich součástí základní rostlinný nebo živočišný tvar. Zjišťoval dynamiku a pluralitu tohoto základního tvaru. To se samozřejmě zdá být nepraktické a neužitečné. Je to vědění, jehož aplikace do praxe nemají především technický ráz. Nejznámější je spor těchto dvou myslitelů o avýklad světla, především výklad vzniku barev. Newton převedl barvy na kvantity. Na Newtonovi založená optika s barvami nepracuje. Zajímají ji vlnové délky, resp. kmitočty elektromagnetického záření. Vlnění je matematickou abstrakcí: Žádný fyzik (po Maxwellovi) nám neodpoví na otázku, co se vlní. Připadá mu nadbytečná, nebo dokonce směšná. Snaží se vypořádat se s tím, že vlnový výklad světla nevystihuje všechny světelné efekty a že tu musí být paralelní (korpuskulární) výklad, který také není úplný, ale je zcela odlišný.

Newtonovské pojetí vědy zvítězilo. Hlavním argumentem byla využitelnost výsledků v průmyslu, obchodu a vojenství. Meze a krizové jevy tohoto vědeckého přístupu se měly ukázat až daleko později. Goethovský přístup byl vytlačen na okraj, ale žil dále. Hlásil se k němu např. významný český přírodovědec 19. století Jan Evangelista Purkyně. Podrobněji se o tom dočteme v jeho textu Útržky ze zápisníku zemřelého přírodovědce. Alternativní fenomenologická věda ožila s nástupem fenomenologie ve filozofii, zejména díky Edmundu Husserlovi. Filozofická fenomenologie vyústila spíše do Heideggerova existencialismu. Samotnou vědu tolik nezasáhla. Husserlův sen o novém vybudování systému věd se neuskutečnil. Fenomenologicky se orientovaly ve dvacátém století některé humanitní vědy. Vysvobodily se z nadvlády matematizované přírodovědy. Znovuobjevení psýché v psychologii s tím těsně souvisí. Tímto směrem se vydala také kulturní a sociální antropologie, religionistika a teorie umění. V dnešní biologii navazuje na goethovský přístup Ósacká skupina pro studium dynamických struktur. Navazují na Hanse Driesche a Adolfa Portmanna. Blízko této skupině jsou vůdčí osobnosti biologie 20. století Ludwig von Bertalanffy, Ilya Prigogine a C.H.Waddington.

Přesto, že jde o vědu kvalit vnímaných smysly, lze hájit vědecký charakter tohoto alternativního přístupu. Nejde tedy např. o duchovně orientovanou meditaci nad přírodou nebo o umělecké vyjádření přírodních dějů. Nejde také přesně vzato o přírodní filozofii toho druhu, jak ji pěstoval např. F. W. J. Schelling. Přesto, že toto pojetí nepracuje především s kvantitami a s matematickými vztahy, chce být pečlivým, metodickým pozorováním. Nejde jen o smyslové vnímání. Do hry vstupuje též intelekt. Postupuje však poněkud odlišně, než je běžné v tradiční vědě. Nevšímá si pouze struktur, procesů, korelací, pravidelností se zaměřením na praktické aplikace. V alternativní vědě by se to pokládalo za příliš povrchní. Práce intelektu zde je podobná čtení textu. Obvyklý vědecký přístup by odpovídal postupu, kdy bychom prozkoumali váhu a tvar papíru, jeho chemické složení, popsali skvrny na papíře a prozkoumali i jejich složení. Alternativní věda nechává stranou papír a barvy a čte sdělení, které sice nelze fyzikálně a chemicky identifikovat, ale které tyto fyzikální a chemické objekty vyjadřují. Intelekt zde činí to, co je mu vlastní. Název této lidské schopnosti je snad odvozen od latinského intu lego (číst, co je uvnitř). Nepostupuje pomocí argumentů od nějakých výchozích tezí (premis) k nějakému důsledku (ke konkluzi). Spíše jde o intuici, ale ne ve smyslu matného tušení. Metodičnost, otevřenost a kritičnost musí být i zde zachována. I zde člověk musí získat jistotu pro sebe a být schopen ji zprostředkovat druhým. Jinak by nešlo o vědění, nýbrž o domněnky a představy. I alternativní věda se může ověřovat praxí. Má ambice přispívat k léčení, k výchově, k zemědělství a podobně.

Důležité je, že takto pojatá alternativní věda nechce exaktní přírodovědu nahradit. Není alternativou ve smyslu buď anebo. Přesněji by se měla nazývat paralelní vědou. Chce působit vedle exaktní vědy a společně s ní. Je dokonce myslitelná spolupráce. Někteří již uvedení protagonisté alternativní biologie (Portmann, Bertalanffy, Prigogine, Waddington) jsou uznávanými autoritami i z hlediska klasické přírodovědy.

Významnou současnou českou iniciativou v oblasti alternativní vědy je práce katedry filosofie přírody na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy v Praze. Zakladatelskou postavou zde je filozof a biolog, prof. Zdeněk Neubauer. Významným spisem, v němž vyjadřuje své pojetí, je O Přírodě a přirozenosti věcí. Ve spolupráci s ním se zejména dějinám vědy a souvislostem filozofie a vědy věnuje doc. Zdeněk Kratochvíl, který pracuje na téže katedře a přednáší též na Ústavu filozofie a religionistiky Filozofické fakulty UK. Dalším spolupracovníkem je Jiří Fiala a blízko tomuto pojetí, nebo na rozmezí klasické a alternativní vědy, stojí matematik Petr Vopěnka. Podobně uvažují Martin Palouš a Ivan M. Havel. Další oblastí je antroposoficky orientovaná věda. Ve světě má být úspěšná zejména ve farmacii a medicíně, v pedagogice, včetně pedagogiky speciální. Snaží se uplatňovat i v přírodních vědách. U nás je zatím zastoupena několika praktiky antroposofické medicíny a několika badateli stojícími na pomezí antroposofie a akademické vědy, v níž mohou dovolit alternativní postupy jen do určité míry. Mezi nimi je třeba zmínit pedagogického psychologa, děkana Pedagogické fakulty UK v Praze Zdeňka Helluse, matematika Zdeňka Kalvu a archeologa Jana Bouzka.

Citlivá v této souvislosti je pozice takových hermetických oborů jako je astrologie a alchymie, případně i magie. Nešťastné je stavět je jako konkurenci astronomie, chemie a psychologie. Alchymie není primitivní chemie, ani konkurence chemie. Jejím vedlejším produktem mohlo příležitostně být objevení nějakých chemických technologií, ale jejím účelem je stručně a zjednodušeně řečeno paralelní transmutace neušlechtilých kovů ve zlato a neušlechtilého lidského nitra v duchovní "zlato". Jde tam o rozrůzněnou jednotu přírody a lidského nitra. V tomto smyslu je, či chce být nejen alternativní vědou, ale i uměním a duchovní cestou. Bohužel kolem těchto esoterních disciplin je ve hře problém pseudovědeckého šarlatánství.

Pod označením alternativní věda se někdy skrývá alternativa k vědě místo alternativy ve vědě. Jinými slovy, za alternativní vědu se vydávají různé pseudovědy. Hledání alternativní vědy by nemělo usnadňovat život šarlatánům. Ne, že by se někomu mělo brát právo říci svůj názor. Třeba i v něčem, co se zdá být pavědou, je nějaké zdravé jádro. Něco to vypovídá o lidských potřebách a touhách. Ale je třeba rozlišovat. Alternativní věda může spolupracovat s exaktní přírodovědou, ale mělo by vždy být jasné, že jsou to dva různé přístupy. A ještě něco jiného je např. esej, meditativní lyrika, teologické pojednání nebo filozofický rozbor. A něco jiného jsou soukromé pocity, dojmy a domněnky. Když se tato (postmoderní?) rozdílnost respektuje, může každý svým příspěvkem obohatit vnitřní svět těch druhých.

Náboženství si ve středověku a na začátku novověku možná dělalo monopol na výklad světa a chtělo zastupovat vědu nebo diktovat vědě. Svůj monopol postupně ztratilo a dnes se většinou už věnuje jen svým vlastním úkolům. V moderní době, v devatenáctém a hlavně po většinu dvacátého století chtěla mít moderní přírodověda monopol na interpretaci světa. Konstruovaly se vědecké světové názory a všichni a všechno (včetně náboženství) se tomuto typu vědy mělo podřizovat. Tento monopol také skončil. Věda přestává být vyznáním moderního věku, přestává být náboženstvím svého druhu a uvědomuje si svůj přínos, ale i své meze. Různé přístupy stojí vedle sebe. Tak trochu si konkurují, ale také mohou spolupracovat. Mezi klasickou vědou, alternativní vědou, filosofií, uměním a náboženstvím může probíhat plodný dialog. K profilu rozvinutého a zralého člověka patří toto všechno. V dobře fungující společnosti se toto všechno snese vedle sebe.